NAT ME | Birlashtirilgan o'smani xaritalash uchun ko'p omma bo'yicha yondashuv

NAT ME | Integratsiyalashgan o'sma, immunitet va mikrobial landshaftni xaritalash uchun ko'p ommali yondashuv Mikrobiotekaning immunitet tizimi bilan o'zaro ta'sirini ochib beradi
Yaqin yillarda birlamchi yo'g'on ichak saratoni biomarkerlari keng qamrovli bo'lsa-da, davolash bo'yicha tavsiyalarni aniqlash (MSI) (MSI) (MSI) (MSI) (MSI) (MSI) (MSI). Tadqiqotchilar gen ifodasi immunitetning immunitetining javoblari, mikrobial profillar va kolorektal saraton kasalligi va bemorning omon qolishi o'rtasidagi shirkatlar o'rtasida assotsiatsiyani ta'kidladilar.

Tadqiqotlar rivojlanganligi sababli, saraton hujayralari, immunitet, stromiya yoki mikrobial xususiyatini, shu jumladan klinik natijalar bilan bog'liq deb xabar bermoqda, ammo ularning o'zaro ta'siri bemorga qanday ta'sir ko'rsatishi mumkinligi haqida xabar berildi.
Yaqinda Qatarda Sidra Tibbiy tadqiqotlar institutining tadqiqotchilari jamoasi mikrobioma xususiyatlarini birlashtirish va immunitet reaktsiyalari bilan omonat stavkalari (Mikroscore) o'rtasidagi munosabatlarni rivojlantiradi. The team performed a comprehensive genomic analysis of fresh frozen samples from 348 patients with primary colorectal cancer, including RNA sequencing of tumors and matched healthy colorectal tissue, whole exome sequencing, deep T-cell receptor and 16S bacterial rRNA gene sequencing, supplemented by whole tumor genome sequencing to further characterize the microbiome. Tadqiqot tabiatshunoslikda "yo'g'on ichak saratonining integratsiyalangan o'simta, immunitet va mikrobiote va mikrobiote atlas" sifatida nashr etildi.

Tabiiy tibbiyotda nashr etilgan maqola

Ic-i iCam Umumiy ko'rinishi

Tadqiqotchilar yangi muzlatilgan o'sma namunalarini (o'simta saraton) tomonidan teri terapiyali gistologik diagnostik tashxis qo'yilgan bemorlarning yong'oq saratonini gistologik diagnostik tashxis bilan tahlil qilish uchun ortogonal genom platformadan foydalanishgan. Barkamolliklar sifati, 348 bemorning genziyalarini nazorat qilish, 348 bemorning genomik ma'lumotlari, 4,6 yilgacha bo'lgan genom ma'lumotlari saqlanib qolgan va quyi oqimlar tahlilida. Tadqiqot guruhi ushbu Resurs Sidra-Lumc AC-ICAM nomini e'lon qildi: immunitet-saraton mikrobioma bilan o'zaro ta'sir qilish uchun xaritada va qo'llanma (1-rasm).

ICR yordamida molekulyar tasniflash

Sarce Sarceencialos tashish uchun modulli genetik markerlarni olib, tadqiqot guruhi uni 20 geniatsiyani, shu jumladan melanoma, qovuq saratoni va ko'krak bezi saratonini qamrab olgan 20 gen anadagi paneliga optimallashtirildi. Shuningdek, Xavfsizlik, shuningdek, saraton turlari, shu jumladan ko'krak bezi saratoni bo'yicha immunoterapiya javobi bilan bog'liq.

Birinchidan, tadqiqotchilar ICR AC-ICEAM CHORTY ICE-ICE-CHORTES imzosini tasdiqladilar, ICR ICE SHAME CHORTE ICRIKA ICRga asoslangan Coursifikatsiyasini tasdiqladilar: Oliy XQICR (issiq o'smalar), o'rta ICR va past ICR (1-rasm). Tadqiqotchilar konsensus molekulyar subypes (CMS) bilan bog'liq bo'lgan immunitet (CMS), yo'g'on ichak saratonining tsifikatsiyasi bilan bog'liq. CMS1 / Emmunitet, CMS2 / CHMS4 / METBOY VA CMS4 / Mexxenmalni o'z ichiga oladi. Tahlillar shuni ko'rsatdiki, XQQQ ballari barcha CMS-ning barcha kattalikdagi parvozlari yo'llari bilan salbiy aloqalar va immunosuprin va stromal bilan bog'liq yo'l-transport yo'llari bilan ijobiy korrelyatsiyalar faqat CMS4 o'smalarida kuzatildi.

Barcha CMS, tabiiy qotilning (NK) hujayralari va tolblug'atining ko'pligi (1C-rasm) yuqori o'zgaruvchan xususiyatlarga ega edi.

1-rasm. ICTAM ICEME SAZURAT, immunitet va molekulyar stavka va omon qolish.
ICR o'smirni boyitilgan, klonal ravishda ko'paytirilgan t hujayralarni olib tashlaydi
Faqat o'smali antijenlar uchun o'ziga xos o'simliklar infiltratsiyasi ma'lum bo'lganlardir (10% dan kam). Shuning uchun, o'sma ichidagi o'sma ichidagi hujayralarning aksariyati iyunderder t hujayralari deb ataladi (bysterder t hujayralari). Sarlavha subpopulyatsiyasida starta kamerasida va leykotsitlar nishorati bo'lgan an'anaviy traktlar bilan eng kuchli o'zaro bog'liqlik (RNNA-SIQ) (RACK-SIQ). Xavfr klasterlarida (umumiy va CMS tasnifi), Ixmmun yuqori va CMS-CMS1 / immunits1 / immunits1 / immunits1 / immunitet guruhlari (2C-rasm) (2C-rasm) va CMS-ning yuqori qismida (2C-rasm) kuzatildi. Barcha tozetilda (18,270 gen), oltita ICR genlari (IFNG, Stat1, GZMA, GZMA, GZMA, GZMA, GZMA, CXMA110) TCC immunite Klicative (2D-rasm) yordamida mavjud. Immunoziq TCning klahusi yuqori darajadagi CD8 + markerlar (1-rasm) yordamida kuzatilgan korrelyatsiyalarga qaraganda ko'proq muzlatib qo'ydi (2G-rasm). Xulosa qilib, yuqoridagi tahlil XQXR imzosi o'sma bilan boyitilgan, klonal ravishda kuchaytirilgan t hujayralar mavjudligini aniqlaydi va uning prognoz ta'sirini tushuntirishi mumkin.

2-rasm. TCMmunli genlar, immunitet va molekulyar subtypes bilan o'zaro bog'liqlik.
Sog'lom va yo'g'on saraton kasalligida mikrobiome kompozitsiyasi
Tadqiqotchilar 246 bemordan olingan o'simta va sog'lom yo'g'on ichak to'qimasidan olingan DNK yordamida 16s RRNA-ketma-ketlik (3A-rasm). Tadqiqotchilar tekshiruv uchun, qo'shimcha ravishda tahlil qilish uchun mavjud bo'lmagan qo'shimcha 42 o'sma namunalaridan 16S RRNN gen ketma-ketligini qo'shimcha ravishda tahlil qildi. Birinchidan, tadqiqotchilar mos keladigan o'smalar va sog'lom yo'g'on ichak to'qimalari orasidagi floraning nisbiy ko'pligini taqqoslashdi. Sog'lom namunalar bilan taqqoslaganda, totamrohlik qilish (3A-3d-rasm) o'smalarda thetrridium pertridridenzenlari sezilarli darajada oshdi. "Alfa" xilma-xilligi va sog'lom namunalar o'rtasida alfa xilma-xilligi sezilarli darajada farq yo'q edi va muzdan past o'smalarga nisbatan muzdan tashqari rangli xilma-xillikda muzdan tashqari xilma-xillikning kamchiliklari kuzatildi.
Mikrobial profillar va klinik natijalar o'rtasidagi klinik jihatdan tegishli birlashmalarni aniqlash uchun tadqiqotchilar 16s RRNN JEE-ketma-ketlik ma'lumotlarini omon qolishini bashorat qiladigan mikroli xususiyatlarini aniqlash uchun foydalanishga qaratilgan. AC-ICAM246 da tadqiqotchilar MBR tasniflagichlari deb nomlangan 41 funktsiyasini (differentsial o'lim xavfi bilan bog'liq) (3F-rasm) deb nomlangan 41 funktsiyani tanlagan.
Ushbu mashg'ulotda (ICAM246), past MBR ball (MBR <0, past, past MBR) o'lim xavfi ancha past (85%) bilan bog'liq edi. Tadqiqotchilar MBR (Xavf) va ikki mustaqil kogortda (ICAM42 va TCGA-Coad) uzoq muddatli OT uyushmasi (ICGA-Coad) o'rtasidagi aloqani tasdiqladilar. (3-rasm) O'simlik va sog'lom yo'g'on ichak to'qimalariga o'xshash engagastral kokslari va MBR ballari o'rtasida kuchli bog'liqligini ko'rsatdi.

3-rasm. Mikrobiomi o'simta va sog'lom to'qimalarda va XQX va bemorning omon qolishi bilan munosabatlar.
Xulosa
Ushbu tadqiqotda ishlatiladigan ko'p omma bo'yicha yondashuvni kamdan-kam hollarda Colorektal saratonida immunitetning molekulyar imzosi va mikrobioma va immunitet tizimining o'zaro ta'sirini ochib beradi. O'simlik va sog'lom to'qimalarning chuqur temudlari salomatlik ta'siri o'smirning maydalashi, o'smirlar boyitilgan va antijen-o'ziga xos xususiyatlarini olish qobiliyati bilan bog'liq.

IC-ICAM namunalarida 16S RRNN gen ketma-ketligi bilan o'simta mikrobiota qatlamini tahlil qilish orqali jamoa kuchli prognostik qiymatga ega mikrobiomama imzoini (MBT xavf balini) aniqladi. Ushbu imoq o'sma namunalaridan kelib chiqqan bo'lsa-da, sog'lom rangekeum va o'sma MBR ta xavf-xatarlar hisobi, bu imzoni bemorlarning ichak mikrobahon tarkibini ushlashi mumkinligini ta'kidladi. IKR va MBR ballarini birlashtirish orqali, ichak saratoni bilan og'rigan bemorlarda omon qolishni bashorat qiladigan ko'p omiologiya biomarkerini aniqlash va tasdiqlash mumkin. Tadqiqotning ko'p ommasiatsiyasi yo'g'on saraton biologiyasini yaxshiroq tushunish va shaxsiylashtirilgan terapevtik yondashuvlarni kashf etish uchun resursni taqdim etadi.

Ma'lumot:
Roands, J., Kuppen, pjk, Ahmed, ei va boshqalar. Yo'g'on ichak saratonining integratsiyalashgan o'simta, immunitet va mikrobioma atlasi. NAT 29, 1273-1286 (2023).